کتاب اطلس شيعه يك نوشته تأليفي – پژوهشي است. كه هدف اصلي آن ارائه دادن تصويري جغرافيايي – تاريخي از شيعه در طول تاريخ اسلام از آغاز تا به امروز است. در اين كتاب تاريخ شيعه در قالب نقشه‌هاي جغرافيايي ارائه و حدود پيشرفت تشيع درهر مقطع تاريخي و در هر نقطه جغرافيايي نشان داده شده است. همچنين نويسنده به ارائه مواد تاريخي و توضيحي درباره سير تطور شيعه، نقشه‌هاي جغرافيايي و جداول پرداخته است. تشيع در اين كتاب به معناي وسيع آن مورد توجه بوده و مطالبي درباره اسماعيليه، زيديه و علويان نيز درج شده است. البته جريان اصيل تشيع، جريان تشيع معتدل دانسته شده كه همان مذهب اماميه است. نويسنده درباره اين كتاب مي‌گويد: « اين كتاب به دليل گستردگي موضوعات مطرح شده، نمي‌تواند يك اثر بي‌عيب و نقصي باشد. به همين دليل در تيراژ محدود انتشار يافته است تا پس از جمع‌آوري انتقادها و ايرادها بتواند در شكل بهتري ارائه شود.» رسول جعفريان ادامه مي‌دهد: «اين اثر در طول سال با همراهي شماري از دوستان و همكاران بنده فراهم آمده است. در هر مرحله، پس از تهيه مطالب و نقشه‌هاي اوليه مربوطه به آن، نقشهها در اختيار سازمان جغرافيايي نيروهاي مسلح قرار مي‌گرفت و دوستان ما در سازمان، با كشيدن نقشهها آنها را براي اصلاح بازمي‌گردانند و گاه چندين بار يك نقشه مورد اصلاح و مرور قرار مي‌گرفت. طبيعي است كه سازمان جغرافيايي در اين مدت، با حمايت‌ها و همراهي‌ها خود نقش موثري در به ثمر رسيدن اين طرح داشت.» او در پايان مي‌گويد: «بديع بودن يا به عبارتي نبودن سابقه‌اي براي اين قبيل كار در تاريخ شيعه، اين مشكل را ايجاد مي‌كرد كه نتوانيم آنگونه كه دوست داريم آن را به دوستداران تقديم كنيم. از اين بابت عذرخواهم. برخي مشكلات مي‌تواند در نقشهها باشد كه لازم است دوستان محقق دقت بيشتري كرده و ما را از خطاهاي احتمالي آگاه سازند.»
***
فصل اول با عنوان «آغاز تشيع» كه از تعريف شيعه شروع و تا بيان فرقه‌هاي شيعه ادامه يافته است.
فصل دوم با عنوان «امامان شيعه» شامل زندگي حضرات معصومين با ارائه مطلب و نقشه درباره زندگي هر امام است.
فصل سوم «تشيع در شهرهاي ايران» است كه براي هر شهر از شهرهاي اصلي شيعه مذهب، نقشه و متن ارائه شده و گاه به خاندان‌هاي مهم شيعه هر ناحيه نيز پرداخته شده است.
فصل چهارم «دولت‌هاي شيعه در ايران» كه نخستين آنها دولت علويان طبرستان و پايان آن عصر امام خميني است. در اين ميانه از دولت‌هايي چون آل بويه، اسماعيليه، ايلخانان، سربداران، مرعشيان، صفويان، قاجار تا انقلاب اسلامي سخن به ميان آمده است.
فصل پنجم «تشيع در عراق» است كه از شهرهاي كوفه و واسط و بغداد سخن گفته شده و با گذر از مهم‌ترين رويدادهاي تاريخي شيعه در اين ديار، به زمان حال رسيده و از بغداد عصر جديد و دولت شيعي فعلي عراق نيز سخن گفته شده است.
فصل ششم «تشيع در جزيره العرب» است كه درباره شيعيان مدينه و همين‌طور منطقه شرقيه يعني احساء و قطيف سخن گفته شده است. پس از آن از بحرين و ديگر كشورهاي حاشيه خليج فارس، مانند قطر، امارات، كويت و عمان نيز پرداخته و بخش قابل توجهي نيز به يمن و زيديه اختصاص داده شده است.
فصل هفتم «تشيع در شامات» است كه از ورود تشيع به شام به ويژه حلب سخن گفته شده و سپس به شهرهاي مختلف سوريه از جمله دمشق و نيز از علويان و در پايان از شيعيان لبنان تا زمان حاضر پرداخته شده است.
فصل هشتم «تشيع در آفريقا» كه بخش عمده آن به علويان ادريسي و دولت فاطمي اختصاص دارد و پس از آن به رسوخ و نفوذ تشيع در كشورهاي مختلف آفريقايي كه عمدتا طي يك صد سال اخير به ويژه پس از پيروزي انقلاب بوده بحث شده است.
فصل نهم «تشيع در شبه‌قاره و افغانستان» كه ضمن آن به تفصيل از دولت‌هاي شيعي در حيدرآباد و مناطق ديگر هند و نيز نواب‌هاي شيعي حاكم بر برخي از نواحي و همين‌طور شيعيان كشمير و سپس پاكستان بحث شده است. براي هر بحث و متن تاريخي، چندين نقشه تاريخي ارائه شده است. در پايان اين بخش از نفوذ تشيع در كشورهاي مالزي، اندونزي و تايلند نيز سخن گفته شده است.
فصل دهم «تشيع در قفقاز و تركيه» كه از شيعيان آذربايجان و همين‌طور استانبول و ديگر شهرهاي تركيه سخن گفته شده و بحثي نيز درباره علويان صورت گرفته است.
فصل يازدهم «تشيع در اروپا» كه بيشتر مربوط به قرن اخير است. در اين فصل از شيعيان بريتانيا، آلمان، و همين‌طور ايتاليا و بلژيك به اجمال بحث شده است.
فصل دوازدهم «تشيع در آمريكا» و كاناداست كه از برخي از موسسات و تشكل‌هاي شيعي به اجمال اشاره شده است.