کتاب زمزم عرفان با محوریت یادنامه ای درمورد این مرجع و عارف بزرگوار نوشته و تدوین شده است و محمد محمدی ری شهری در مقدمه کتاب، درباره روند شکل گیری این مجموعه نوشته است: «واگذار شدن نمایندگى رهبرى در حج در اوایل سال 1370، ایجاب مىکرد که براى بهرهگیرى هر چه بیشتر از مراسم سیاسى ـ عبادىِ حج و برگزارى هر چه بهتر آن، از انفاس قدسى آیت الله بهجت، در این سفر، توشه برگیرم، بدین منظور از آن تاریخ، هر ساله پیش از عزیمت به سوى خانه خدا و پس از بازگشت از سفر، معمولاً به محضر ایشان شرفیاب مىشدم و از رهنمودهاى ایشان در زمینههاى مختلف، بهره مىبردم.»به گفته وی در دیدارهایی با آن عالم برجسته،ایشان مطالب متنو�'عى را درباره قرآن، حدیث، فقه، اصول، اخلاق، عرفان، کشف و کرامات علماى سلف، حج و سرپرستى حج�'اج، امام خمینى(ره) و انقلاب اسلامى و برخى امور سیاسى بیان مىفرمود. ری شهری اضافه می کند: ایشان همچنین گاه رهنمودهاى خاصی درباره برخى اذکار و اعمال داشتند، که این جانب، شمارى از برجستهترین مطالب ایشان را، گاه در محضر ایشان و گاهى پس از آن، یادداشت مىکردم. مجموعه این یادداشتها در قالب این کتاب براى بهرهگیرى بهتر علاقمندان به این مباحث، در چهار بخش جمع بندی رهنمودها، گفتگو با فرزند ایشان، متن یادداشت های مولف و شرح حال مختصری از کسانی که نامش در کتاب آورده شده، تدوین شده است وعلاقمندان می توانند با بهره گیری و الگوبرداری از این کتاب خود را به آن الگوى کامل نزدیک کنند. بنابر این گزارش بخش اول کتاب متشکل از 10 فصل قرآن، فقه و اصول، ارزش های اخلاقی و عملی، فلسفه و عرفان، کشف و کرامات، حج و سرپرستى حج�'اج، امام خمینى و انقلاب اسلامى، سیاست و رهنمودهاى ویژه است. همچنین در بخش دوم نیز، متن یادداشتهاى مؤلف از سخنان ایشان، در طول سالهاى 1370 تا 1387 و در بخش چهارم نیز شرح حال مختصرى از قالب کسانى که در متن کتاب، ازآنها یاد شده، ارائه شده است. ارائه زندگى نامه مختصری از آیت الله بهجت(ره) از دیگر بخش های این کتاب است.