وحدت وجود عارفان با وحدت وجود فلسفي، كه همان وحدت تشكيكي است، نيز متفاوت است. در وحدت تشكيكي، حقيقت وجود سنخ واحد و داراي صرافت محض است، اما وحدت شخصي ندارد. از اينرو داراي وحدتي همراه با كثرت مراتب وجود است. لكن در از نظر عارف، عالم داراي ظهور و بطون است و غايت عارف در نورديدن وجود و وصول از ظهور به بطون عالم و اتحاد با حقيقت هستي است. درحاليكه چنين تلقي در فلسفه نيست و فيلسوف، غايتش ساخت عالم ذهني مضاهي و متناسب با عالم عيني در ذهن و فكر خودش است. فلسفه و عرفان دو حوزه معرفتي هستند كه از سويي در يك مجموعه اصطلاحات (از قبيل موجود و معدوم، واحد و كثير، حق و خلق، حادث و قديم، علت و معلول، جوهر و عرض و مانند آن) مشتركند و از سويي ديگر در آن معاني كه فيلسوف و عارف آنرا اراده ميكنند يكسان نيستند. اين دو دستگاه معرفتي در مبادي، مسائل و غايت تفاوتهاي اساسي با هم دارند. اشارهاي به مهمترين اختلافات آندو، ميتواند خواننده را در چارچوب بحث قرار دهد. ...فرق مابين مذهب مشائين و مذهب صوفيه از دو وجه است: وجه اول آنكه وجودات خاصه نزد مشائين، حقايق متباينه بالذاتند و نزد صوفيه، مراتب حقيقت واحده كه اختلافشان به كمال و نقص، غنا و فقر، تقدم و تأخر، و شدت و ضعف است و همه از سنخ واحد و اصل فاردند. وجه دوم آنكه حقيقت واجب تعالي نزد مشائين، فردي از افراد وجود است كه مباين بالذات است از ساير افراد، و داراي جميع صفات كمال و جلال است و نزد صوفيه، حقيقت وجود مطلق كه قائم بالذات و مقيم اشياء است بظهور تجلي خود در مراياي اعيان ثابته و ماهيات امكانيه.