در سلک دگراندیشان زمان خود بود و حکومت وقت دیدگاههای انتقادی آنان را می‌شناخت و فعالیتهایشان را زیرنظر داشت. کتابچه‌ای در مذمت میرزا محمدخان سپهسالار صدراعظم مخفیانه نشر دادند که وی را در آن سخت هجو کرده بودند. میرزا حبیب به اتهام نوشتن این کتابچه تحت تعقیب قرار گرفت و در ۱۲۸۳ از ایران گریخت.

میرزا حبیب حدود سی سال بازمانده عمر خود را در استانبول از راه خدمت در وزارت معارف عثمانی، تدریس در معلم‌خانه ایرانیان و مراکز دیگر گذراند. عثمانی در آن زمان نهضت تنظیمات را از سر گذرانده بود و استانبول از فعال‌ترین شهرهای اسلامی قرن نوزدهم در اخذ تمدن اروپایی و تشکیل نهادهای مدنی و از مهم‌ترین مراکز تجمع ایرانیان دگراندیش، ناراضی و مخالف دولت و محل انتشار جراید مختلف بود. جرگه‌ای از ایرانیان روشنفکر هم در استانبول تشکیل شده بود که میرزا حبیب به آن محفل و نیز به محافل تجددخواهان رفت‌وآمد داشت و از طریق آنها با فرهنگ و تمدن غربی آشنا شد. ظاهراً میرزا آقاخان کرمانی دو سال در منزل میرزا حبیب ساکن بوده و نوشته‌های او را به اصطلاح امروزی ویرایش می‌کرده‌است. این دو با شیخ احمد روحی نیز دوستی و همکاری داشته‌اند

.

میرزا حبیب در استانبول دوبار ازدواج کرد و یکی از همسرانش چرکس بود. از این دو زن صاحب سه پسر به نامهای کمال، جمال و جلال شد. زندگی میرزا حبیب در استانبول با فراز و فرود همراه بود و حتی یک بار مغضوب مقامات عثمانی گشت و مدتی کار خود را از دست داد. برخی اشارات هم حاکی است که در اواخر عمر کاملاً از شر و شور جوانی افتاده و با مقامات سیاسی سفارت ایران در باب عالی نشست و برخاست داشته‌است. روزنامه اختر که میرزا حبیب هم با آن همکاری داشته، ظاهراً وسیله مناسبی برای جلب و جذب مخالفان سیاسی ایران در عثمانی بوده‌است

.

میرزا حبیب در آستانه شصت سالگی به بیماری سختی دچار شد و برای معالجه با آبهای معدنی به بورسه رفت، اما مداوا نشد و در همانجا درگذشت و مدفون شد. تاریخ مرگ وی را ۱۳۱۱/۱۸۹۳ و ۱۳۱۲/۱۸۹۴ ذکر کرده‌اند.
آثار

میرزا حبیب اصفهانی را پیشگام تدوین دستور زبان امروزی برای زبان فارسی دانسته‌اند. او نخستین کسی است که کلمه «دستور» را با عنوان کتابی درباره قواعد زبان فارسی به‌کار برده و این قواعد را از عربی جدا و آنها را از دایره تقلید از صرف و نحو عربی بیرون برده‌است. براساس اطلاعات موجود، او نخستین کسی بوده که اجزای کلام را در زبان فارسی بررسی و طبقه‌بندی کرده‌است، هرچند که خود را مبتکر این طبقه‌بندی نمی‌داند. میرزا عبدالعظیم خان قریب از الگوی او پیروی کرده‌است. دستور سخن (استانبول ۱۲۸۹)، دبستان فارسی (استانبول ۱۳۰۸)، خلاصه رهنمای فارسی (استانبول ۱۳۰۹) و رهبر فارسی (استانبول ۱۳۱۰) کتابهایی است که میرزا حبیب برای آموزش دستور زبان فارسی تألیف کرده‌است.

تأثیر چشمگیر میرزا حبیب در تحول نثر جدید فارسی، به ویژه با ترجمهٔ سه اثر نمایان است: حاجی بابای اصفهانی، سرگذشت ژیل بلاس (نوشته لُساژ) و گزارش مردم‌گریز (ترجمه منظوم از اثر مولیر). ترجمه هر سه اثر به گونه‌های مختلف دیدگاه انتقادی از وضع اجتماعی و سیاسی موجود را در میان خوانندگان ایجاد می‌کرد و طبعاً حکومت مستبد قاجار و نیز حکومت خودکامه عثمانی، که در آن زمان تحرکات اجتماعی تازه را زیر فشار قرار داده بود، با ترویج این نوع ادبیات حاوی دیدگاههای انتقادی موافق نبودند. انتساب میرزا حبیب به جنبشهای دگراندیشانه درون جامعه عثمانی می‌توانست پیامدهای پیش‌بینی نشده‌ای برای وی داشته باشد، شاید به همین علت باشد که نامش روی شماری از آثارش ذکر نشده‌است.

از مقایسه این سه ترجمه، پیشگامی میرزا حبیب در ترجمه معاصر فارسی و دستاورد او در این کار پیداست: اتخاذ روشی سنجیده و آمیخته با ذوق هنری در ترجمه‌هایی که گاه کاملاً دقیق و لفظ به لفظ، و گاه آزاد، که نشانه چیره‌دستی او در نثر فارسی و وقوف زیرکانه به اوضاع و احوال اجتماعی و سیاسی زمان است. تسلط میرزا حبیب به چند زبان و به اصطلاحات، تعبیرها، حکایتها، مَثَلها و ظرایف زبانی و لحنی، قدرت طنز و هزل، طبع توانای شاعری و قدرت قافیه‌سازی و سجع‌سازی و استفاده هنرمندانه از وزن کلام و آهنگ واژه‌ها، جایگاه وی را در ترجمه فارسی در مرتبه کم‌مانندی قرار داده‌است.

همایش بزرگداشت «میرزا حبیب دستان‌بنی» در مرداد ۱۳۷۹ در شهرکرد بر‌گزار شد. ایرج افشار در یادداشتی در همان زمان به تغییر نام میرزا حبیب و به نقض اصول در تغییر دادن بی‌مورد نام مشاهیری چون میرزا حبیب اصفهانی اعتراض کرد.
پدر دستور زبان فارسی

جلال همایی در مقاله‌ای در شماره‌های ۱، ۲، ۳ نشریهٔ فرهنگستان ایران (فرهنگستان اول) که بعدها در مقدمهٔ لغتنامهٔ دهخدا جای گرفت، میرزا حبیب اصفهانی را کسی دانسته که سنگ بنای طرز قواعد و دستور زبان فارسی را بنا نهاد. به این اعتبار، می‌توان او را پدر دستور زبان فارسی شمرد.[۲]