مناسبات فرهنگی معتزله

در کتاب مناسبات فرهنگی معتزله عمده پژوهش‌های جعفریان درمورد تاریخ تشیع است. زمینه‌های دیگر پژوهش‌های وی عبارت اند از: تاریخ سیاسی صدر اسلام، تاریخ تشیع و تاریخ دوره صفوی. کتاب‌هایی چون تاریخ سیاسی اسلام (سیره رسول خدا و سیره خلفا)، تاریخ تشیع در ایران، اطلس شیعه و نیز سیاست وفرهنگ روزگار صفوی از جمله کارهایی است که در این زمینه‌ها منتشر کرده‌است. در زمینه تاریخ معاصر نیز کتاب جریانها و سازمان‌های مذهبی سیاسی بین سالهای ۱۳۲۰ ��” ۱۳۵۷ را نوشته‌است.